1990-2000: Zeit der Wiedervereinigung
1990 kam es im Rahmen der Wiedervereinigung zu einem ersten Kontakt zwischen dem Fachverband der Futtermittelindustrie e. V., Bonn, und dem Wissenschaftlich-technisch-ökonomischen Zentrum (WTÖZ) der Getreideverarbeitungsindustrie, Berlin-Ost. Das WTÖZ war in der damaligen DDR unter anderem für die Mischfutterwerke und damit für die technologische Verfahrensforschung und Produktionsanleitung sowie die Verwaltung der Rohstoffkontingente verantwortlich.
Das Jahrzehnt wurde von verschiedenen so genannten Skandalen überschattet: Vor dem Hintergrund des Auftretens von BSE (Bovine Spongiforme Enzephalopathie) in England wurde 1992 ein Fütterungsverbot von tierischem Protein an Wiederkäuer in Deutschland erlassen , das wissenschaftlich in engen Zusammenhang mit der Verfütterung von tierischem Protein gebracht wird.1993 trat im veredlungsstarken Niedersachsen die Schweinepest auf. 1,5 Millionen Schweine wurden getötet – es entstand ein enormer wirtschaftlicher Schaden für die Tierhalter und auch für die Mischfutterproduktion, die in dieser Region einen Einbruch von 620.000 Tonnen erlebte. Als Belgischer Dioxin-Skandal oder Chicken-Gate wird der 1999 aufgedeckte Skandal um Dioxin- und PCB-belastetes Futterfett aus Belgien bezeichnet, das an Futtermittelhersteller in mehrere europäische Länder geliefert worden war.
Die Lebensmittelkrisen hatten aber nicht nur Einfluss auf den Fleischkonsum: Nach BSE in England wurden erste Ideen für ein Sicherungssystem für die Fleischproduktion gesammelt. Im Vordergrund standen vertrauensbildende Maßnahmen, Branchen-PR und weniger produktionsbestimmende Maßnahmen. Da der Lebensmitteleinzelhandel die Qualitätssicherungssysteme bereits eingeführt hatte, mussten sich auch die Zulieferer zertifizieren lassen.
Ein Schwerpunkt der Verbandsarbeit war die Umsetzung der Anerkennungs-Richtlinie 95/96/EG vom 22.12.1995 zur Neu-Anerkennung und Registrierung von Mischfutterbetrieben. In diesem Zusammenhang wurde gemeinsam mit Bundesagrarministerium und Überwachungsbehörden Informationsmaterialien erarbeitet und den Mitgliedsfirmen übermittelt.
Weitere wichtige Themen waren das komplexe und bis heute anhaltende Thema Gentechnik – im November 1996 kamen die ersten Schiffe mit gentechnisch verändertem (GVO)-Soja aus den USA nach Europa.